D-kloprostenol natrij i L-kloprostenol natrij su enantiomeri, što znači da su zrcalne slike jedan drugoga i imaju različite prostorne rasporede atoma. Odvajanje D-kloprostenol natrija od L-kloprostenol natrija obično uključuje tehnike kiralnog odvajanja. Ovdje su dvije uobičajene metode koje se koriste za takvo odvajanje:
Kiralna kromatografija: Kiralna kromatografija široko je korištena tehnika za enantiomerno razdvajanje. Uključuje upotrebu kiralne stacionarne faze, koja je kolona ili smola koja sadrži kiralni selektor. Kiralni selektor različito djeluje s enantiomerima, što dovodi do njihovog različitog zadržavanja i odvajanja. Kolona je napunjena kiralnom stacionarnom fazom, a smjesa D-kloprostenol natrija i L-kloprostenol natrija prolazi kroz kolonu pod određenim uvjetima mobilne faze. Kako spojevi prolaze kroz kolonu, različito stupaju u interakciju s kiralnom stacionarnom fazom, što rezultira odvajanjem enantiomera.
Enzimsko razdvajanje: Enzimsko razdvajanje je još jedna metoda koja se koristi za odvajanje enantiomera. Uključuje upotrebu enzima koji selektivno stupaju u interakciju s jednim enantiomerom, pretvarajući ga u proizvod dok drugi enantiomer ostavlja nepromijenjen. Na primjer, enzim može selektivno katalizirati reakciju s D-kloprostenol natrijem, ali ne i s L-kloprostenol natrijem. Korištenjem ove razlike u reaktivnosti, dva enantiomera se mogu razdvojiti. Enzimsko razdvajanje može se provesti u otopini ili putem imobiliziranih enzima na čvrstim nosačima.
Važno je napomenuti da specifična metoda odvajanja koja se koristi može ovisiti o čimbenicima kao što su svojstva enantiomera, željena čistoća odvojenog enantiomera i dostupnost odgovarajućih tehnika odvajanja. Dodatno, odvajanje D-kloprostenol natrija i L-kloprostenol natrija mogu provesti farmaceutski proizvođači i mogu uključivati zaštićene procese specifične za njihove proizvodne postupke.